Super
En latin, élément formant signifiant "au-dessus" ou "par dessus". Par exemple sur une plateforme, ce qui est au-dessus forme la superstructure, et en dessous l'infrastructure. Mais le TLFi nous dit qu'il avait dès le début aussi une valeur intensive, comme dans supernova ou supertanker.
Hyper
En grec, élément formant signifiant "au-dessus", "au-delà". De la même façon qu'"infra" s'oppose à "super" dans certaines constructions, "hypo" peut s'opposer "hyper" : hypoglycémie / hyperglycémie. Comme "super", il peut aussi prendre une valeur intensive : hyperinflation. Et cette valeur intensive peut se conjuguer avec celle de "super" : supermarché => hypermarché, supersonique => hypersonique. On mélange alors les origines grecques et latines.
Extra
En latin, élément formant signifiant "en dehors" (extraordinaire), ou avec la valeur intensive, "au-delà" (dans extraléger).
Méta
En grec, élément formant signifiant "au milieu de" / "avec" (hypertexte ?) ou "après" (métaphysique) ou "vers" (métastase, métamorphose, métaphore). Puis on commence à l'utiliser pour l'idée de relation intrinsèque "à propos de" / "la .. de la .." (métacritique, métadonnée).
Et le beyond dans tout ça ?
Le beyond, c'est l'au-delà, en conséquence on peut utiliser extra, ou hyper.